* de temps en temps vérifier si le workaround dans logit_model.h est tjs nécessaire

* LD.plot : accepter les nan (ou NA) qui viennent de SNPs monomorphes !

* read tped files ? (cf données elisa pour tester)

* dans SNP.match il faudrait pouvoir faire by = "id:alleles"

* bug dans lmm.aireml pas de composante varbeta quand on donne une liste de matrice

* dans qqplot.pvalues ne pas supprimer les p = 0 mais faire comme dans milor

* lors de la fabrication d'une bed matrix, @snps$chr = facteur
  @snps$id = unique (sinon ajouter :chr:pos:alleles... )

* set.dist devrait pouvoir travailler directement sur un data frame

* exporter fonction(s) flip_strand... 

* dans les ai-reml-logit-* : on peut optimiser un peu en évitant de stocker W(n,n)
  -> utiliser un vecteur W(n) avec W.asDiagonal() ...

* regarder dans score_lmm.cpp si il y a des optimisations (diagonalisation...)

* dans m4_stats.cpp on passe trois vecteurs de Logical pour les chr... -> passer directement le numero de chr...?

NOTE  si on utilise RcppArmadillo
   il faut installer sous linux le package libomp-dev pour que ça compile
   
   
